新农合每年10月中旬开始筹资，第二年1月1日开始生效，享受报销。
全国大部分地区参合过程中出现断缴的情况，再参合无需补缴上年度未参合的费用。但个别地区需要补缴，如山东省：上年度没参合，下年度想参合，但必须补缴上年度的参合费用，包括国家补助部分。
新农合平时无法缴费，只能在年底统一开展筹资工作时才能缴费。其原因是个人只是缴纳很少的一部分，而国家补贴占大头，错过年底的缴费时限，等这个地区把参合人数上报给上级部门，再想缴费参合，国家无法再下拨那份配套资金。